Gandoca-Manzanillo es un Refugio Nacional de Vida Silvestre mixto (estatal y privado), donde la combinación de paisajes de tierra, playa y mar, sumada a la cultura local hace del sitio un lugar muy atractivo para el visitante.

La conservación y manejo sostenible de estos ecosistemas, se lleva a cabo en forma paralela con la participación de las comunidades, donde se protege el habitat de especies amenazadas como el manatí y las tortugas marinas.

Sus ecosistemas (entornos, biósfera) más importantes son sus playas de arena amarilla y los humedales: pantanos, lagunas, bosques anegados, arrecifes, lechos de plantas fanerógamas marinas y algas.

El refugio protege cerca de 5 km2 de arrecife frente a puntas Uva, Manzanillo y Mona. Entre las especies de coral se encuentran las cerebriformes y los abanicos de mar. Protege también el único banco natural de ostión de mangle (Crassostrea rhizophorae) de la zona de arrecifes en la franja litoral. Además de la fauna silvestre, en especial aquellas especies en vías de extinción o con poblaciones reducidas.