Gandoca-Manzanillo é um Refúgio Nacional de Vida Selvagem (público e privado) misto, onde a combinação de paisagens de terra, praia e mar, somada à cultura local, torna o local um lugar muito atraente para os visitantes.

A conservação e o manejo sustentável desses ecossistemas são realizados em paralelo com a participação das comunidades, onde o habitat de espécies ameaçadas, como peixes-boi e tartarugas marinhas, é protegido.

Os seus ecossistemas mais importantes são as praias de areia amarela e as zonas húmidas: pântanos, lagoas, florestas inundadas, recifes, leitos de fanerógamas marinhas e algas.

O refúgio protege cerca de 5 km2 de recife em frente a Punta Uva, Manzanillo e Mona. Entre as espécies de corais estão as cerebriformes e os fãs do mar. Também protege a única margem natural de ostras de mangal (Crassostrea rhizophorae) na zona de recife da faixa costeira. Além da vida selvagem, especialmente as espécies em perigo de extinção ou com populações reduzidas.