Gandoca-Manzanillo est un refuge faunique mixte (national et privé), où la combinaison de paysages de terre, de plage et de mer, ajoutée à la culture locale, fait de ce site un lieu très attrayant pour les visiteurs.

La conservation et la gestion durable de ces écosystèmes sont menées parallèlement à la participation des communautés, qui protègent l'habitat d'espèces menacées telles que les lamantins et les tortues de mer.

Ses écosystèmes les plus importants sont ses plages de sable jaune et ses zones humides: marais, lagunes, forêts inondées, récifs, herbiers de phanérogames de la mer et algues.

Le refuge protège environ 5 km2 de récif au large de Punta Uva, Manzanillo et Mona. Parmi les espèces de coraux, on trouve les coraux cerveau et les gorgones. Il protège également la seule mangrove d'huîtres naturelles (Crassostrea rhizophorae) dans la zone récifale de la bande côtière. En plus de la faune sauvage, le refuge protège en particulier des espèces en danger d'extinction ou ayant de petites populations.