Gandoca-Manzanillo ist ein gemischtes Nationales Refugium für wildlebende Arten (staatlich und privat), ein Ort, der durch die Kombination von Landschaften aus Land, Strand und Meer, ergänzt durch die lokale Kultur, für Besucher sehr attraktiv ist.

Die Erhaltung und die nachhaltige Bewirtschaftung dieser Ökosysteme unter gleichzeitiger Beteiligung der Gemeinden schützt den Lebensraum gefährdeter Arten wie Seekühe und Meeresschildkröten.

Seine wichtigsten Ökosysteme sind die gelben Sandstrände und Feuchtgebiete: Sümpfe, Lagunen, Flutwälder, Korallenriffe, Seegrasbestände und Algen.

Das Refugium schützt etwa 5 km2 Korallenriffe vor Punta Uva, Manzanillo und Mona. Zu den Korallenarten gehören die Hirnkorallen und Seefächer. Es schützt auch die einzige natürliche Bank der Mangrovenaustern (Crassostrea rhizophorae) in der Riffzone am Küstenstreifen; außerdem wildlebende Tierarten, vor allem solche, die vom Aussterben bedroht sind oder reduzierte Bestände aufweisen.